La secuenciación del genoma completo (WGS) brinda nuevas oportunidades para mejorar la inocuidad alimentaria bacteriana, pero también trae consigo algunas preocupaciones, según los expertos belgas.

Una opinión del Comité Científico de la Agencia Federal para la Seguridad de la Cadena Alimentaria (FASFC) hizo varias recomendaciones sobre la implementación de la tecnología en Bélgica.

En el informe se tratan diferentes patógenos transmitidos por los alimentos, incluidos Salmonella, Listeria monocytogenes y E. coli productora de toxina Shiga (STEC). Estos son el enfoque inicial de una base de datos WGS desarrollada por la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) y el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC).

El comité recomendó a FASFC, también conocido como AFSCA o FAVV, que comenzara a hacer la transición a WGS para el análisis de aislados de alimentos en un futuro próximo. Esto daría tiempo a los laboratorios para adquirir experiencia y garantizar que tengan la infraestructura necesaria.

Situación actual y potencial futura

En Bélgica, el uso de WGS con fines de seguimiento y control de la inocuidad alimentaria aún no está armonizado, pero algunos laboratorios están utilizando la técnica. La secuenciación del genoma completo se realiza principalmente para confirmar un brote y solo en casos específicos para detectar de manera proactiva un incidente potencial. Para la industria alimentaria, los datos de WGS disponibles son limitados y aún no existe una base de datos centralizada.

En el futuro, el WGS será el método preferido para la investigación de la inocuidad alimentaria bacteriana, debido a su alto poder discriminatorio y la eliminación gradual de los métodos de tipificación más antiguos a nivel internacional. Se convertirá en la tecnología elegida para la investigación de brotes, tipificación de cepas de patógenos, vigilancia nacional y atribución de fuentes, mencionaron los expertos.

A pesar de que los métodos de WGS y los canales para el análisis de datos aún están evolucionando y mejorando, el WGS está listo para usarse en actividades de investigación y vigilancia de brotes. Sin embargo, existen limitaciones para la implementación rutinaria y uniforme. Deben realizarse esfuerzos para validar la metodología WGS y facilitar el intercambio y la comparación de datos.

Cuando se utiliza WGS para subtipificar cepas, como parte de una investigación de un brote de contaminación, se deben utilizar métodos y herramientas bioinformáticas validados o reconocidos internacionalmente, e interpretarlos de acuerdo con el patógeno involucrado y teniendo en cuenta la evidencia epidemiológica y los metadatos de las cepas. Estos datos deben incluir cosas como la ubicación, la fuente de aislamiento, la fecha de recolección, la organización que realiza la recolección y los nombres de las muestras y cepas.

Papel de la investigación epidemiológica

La tecnología también podría usarse para investigar la presencia de patógenos en entornos de procesamiento de alimentos y para hacer un seguimiento de los procesos de limpieza y desinfección.

Para junio de 2022, la base de datos europea conjunta estará operativa entre la base de datos WGS de la EFSA con aislamientos de productos alimenticios y el TESSy del ECDC con aislamientos clínicos de humanos.

El comité advirtió sobre la interpretación correcta de los resultados y la comunicación sobre la fuente de contaminación durante un brote. Recomendaron que los resultados basados en el WGS sobre la relación de las cepas en las investigaciones de brotes sean interpretados por un equipo multidisciplinario que incluya microbiólogos, bioinformáticos y epidemiólogos con experiencia suficiente.

No es posible definir un umbral claro para el número de diferencias genéticas entre cepas de una fuente común. Los datos de WGS deben combinarse con metadatos que informen la parte epidemiológica de los brotes, según los científicos.

También es difícil estimar en qué medida las empresas alimentarias adoptarán WGS en su autocontrol y qué tan dispuestas estarán a compartir datos.

Fuente: www.foodsafetynews.com